為了實現我們在生態復修和植物保育方面的目標，我們需要大量繁殖香港本地植物。為了提供所需資源和合適的生長環境，植物保育部藉此建立了數個苗圃。我們有兩個苗圃，分別處理本地蕨類、草本植物、攀援植物和灌木、還有一個本土樹木苗圃，專門生產樹苗。為了滿足不同植物的特定需求，我們還建設了一個霧室，用於稀有和需特別照料的物種，以及一個微繁殖實驗室，當中配備兩個專門用於種植蘭花的苗圃。我們重點繁殖森林復修項目的植物，園內的展示與收藏以及用於遷地保育的植物。此外，我們更種植用於重新引入野外的植物，並向本園以外其他的非政府組織的森林修復計劃，以及園境管理公司和私人花園提供原生植物。

大多數本士物種，包括一些非常理想的園藝物種，什少（如果有的話）被培植，因此要找出合適的方法是一個很大的挑戰。這點就是靠苗圃內的植家專家去解决難題。

我們的園藝師會參與野外考察，為了讓他們能親眼看到將會帶到我們苗圃的植物本來的棲息地。他們因而能了解每一物種在苗圃和將來的種植地點的合適生長條件。每一物種所需的理想光線、水分和營養水平，其實可能比野外能夠提供的還需更多，因此，需要不斷觀察才能在過程中了解每一物種的最佳生長條件。

種植本地植物的最大挑戰之一是決定物種。香港的土壤是強酸性的，pH值通常在5.5左右。即使在適合絕大多數植物的中性土壤中種植，很多本地物種也會發生缺綠病。

在香港的山坡上，大多數物種都生長在黏性的土壤上。將這些黏性土壤放到盆栽中使用，很有可能會凝固，形成土壤獃滯的狀態，有可能導致根部死亡。雖然可以使用泥炭的介質來克服這一問題，但一旦將植物轉移到本園的土地，這些疏鬆的有機物質很快就會在大雨中被沖走。這不但明顯是一個的可持續性問題，因為這牽涉到從世界上有限的泥炭土中採集泥炭，這還可能嚴重危害種植的成功與否。為了解決這些問題，我們正在試驗使用堆肥、黏性土壤和自製生物炭的混合物，來研製可能是最好的培養基。

另一特有的挑戰跟很多本地樹木的特徵有關。為了抵抗香港季風氣候帶來的嚴冬和乾燥的冬季，許多原生木本植物產生大量的主根，並向下伸展到土壤中，有時深度可達6米！在幼苗發育的早期開始，主根的生長通常非常迅速。這不但限制了可用作栽種植物的容器，而且還會嚴重限制其在苗圃中的時間。

雖然通常最好是使用種子種植植物，因為它們能提高物種的遺傳多樣性，但插枝繁殖也是植物保育的寶貴工具。有些物種可能需要多年才能收集到種子，可以將它們的插枝發根讓其生長到成熟，這樣我們將來就可以輕鬆收取它們的果實。對於只剩下很少數量的物種，在苗圃中繁殖這些植物，可為自然災害或人為禍害的影響帶來保障。霧室提供高濕度的環境，可將無根插技成受的壓力降至最低，從而為它們提供發展新根所需的時間和穩定性。即使沒有這些條件，某些物種也很容易生根，但有些物種可能需要一年多的時間才能長出健康的根系！