1950年代，嘉道理農業輔助會（KAAA）開始在大帽山北坡畜養家畜的時候，山坡上幾乎見不到什麼樹木。接下來的幾十年間，種植了大量果樹和速生樹種，如台灣相思(Acacia confusa)、濕地鬆(Pinus elliottii)、澳洲堅果(Macadamia ternifolia)、龍眼(Dimocarpus longan)、荔枝(Litchi chinensis)和波羅蜜(Artocarpus heterophyllus)等。

如今， 60多年後，各種問題也逐漸浮現。以單一種植的方法在梯田種下非本地果樹如今幾乎成為密不透風的灌叢，濃密的樹蔭令幼苗不能成長。由於地表缺少植被覆蓋，土壤流失仍十分嚴重。1980年代，一大部分的嘉道理農場暨植物園成為自然保護區，但其中一部分仍然由非本土種組成的“種植區”佔據著。

樹木老化的情況也令人擔憂。以園中大量種植的台灣相思為例，這種樹在自然氣候變化 (如2016年年初的嚴重寒潮中) 多次受到傷害。很多樹木的狀況十分危險，樹枝隨時可能跌落，威脅到遊客和員工的安全。為了將風險降到最低，過去幾年間，我們已修剪或者移除了數以噸計的樹枝和非本土樹種。

一種源於美國東南部的針葉樹，濕地松，在本園上山區，種植於觀音山和嘉道理兄弟紀念亭等處，松針的分解會改變土壤pH值以及其他影響，導致本土植物種難以生長。由於老化和疾病等因素，種植的濕地松也正被移除。

為了促進老樹移除後樹種的恢復，本園在上山區栽種了大量樹苗，主要範圍包括靜心徑、世界城市指示牌、觀音山以及嘉道理兄弟紀念亭等。所種植樹種主要為中海拔森林有代表性的本土種，如鵝掌柴(Schefflera heptaphylla)、嶺南山竹子(Garcinia oblongifolia)、絹毛杜英(Elaeocarpus nitentifolius)、杜英(Elaeocarpus chinensis)、紅鱗蒲桃(Syzygium hancei)、南酸棗(Choerospondias axillaris)、黃桐(Endospermum chinense)等。每棵樹苗都已標記並安裝了護樹綱，定期監測直徑和高度。

經過樹藝師、生態學家、園藝師等的不懈努力，本園的山坡正逐漸轉變為由本土種組成的森林，其生態價值也在不斷提高。