野生動物基因庫計劃於2010年開展。目的是把來自香港本地物種或瀕危的已知種源或極度稀有非本地物種等動物組織儲存作基因樣本儲存。此計劃有助對本地物種的認識，尤其對本地存在資訊不足的物種進行遺傳研究。本園植物保育部及香港數家大學一起合作進行遺傳學研究。在一些個案中，部分研究結果有助本園的野生動物拯救中心處理所接收到的活體動物，例如，檢定個別動物是否屬於香港本地物種，並考慮放歸野外，或為非本地物種尋找其他安置方案。

野生動物基因庫中的大部份樣本經野生動物拯救中心和野生蛇類拯救計劃收集，所有基因樣本存於95% -96%的乙醇中冷藏。而野生動物基因計劃會在實際可行或無害(對活體動物而言)的情況下，採集香港本地物種、瀕危的已知種源或極度稀有非本地物種的組織樣本。我們亦從漁護署、市民大眾提供的標本，或本園職員發現的動物屍體中取得一些樣本，並捐贈給我們作自然歷史收藏，以供未來研究之用。